PERPUKADESI mempunyai lambang yang maknanya sebagai berikut:
Ornamen akar berwarna emas
Melambangkan ikatan persatuan yang kuat dan kokoh antara berbagai kepala daerah yang sudah purnabakti yang meliputi silaturahmi tiap anggota. Dengan penggambaran akar yang kokoh diharapkan dapat membentuk organisasi yang tidak mudah tumbang.
Burung Garuda
Merupakan lambang Negara Kesatuan Republik Indonesia yang melambangkan kekuatan, keagungan, dan kejayaan Indonesia. Warna merah putih melambangkan bendera Indonesia dengan harapan tujuan dari lembaga ini adalah menjaga keseimbangan dan keberlanjutan pembangunan nasional dalam berbagai bidang.
Tunas Hijau
Melambangkan kesinambungan dan regenerasi kepemimpinan serta sebagai simbol harapan masa depan yang cerah. Hal ini menunjukkan bahwa meskipun sudah purnabakti, namun semangat, optimisme, dan nilai-nilai kepemimpinan yang luhur akan diwariskan kepada generasi berikutnya agar terus memberikan kontribusi positif bagi masa depan Indonesia.